Organizační strukturu ZP MV ČR tvoří úseky, odbory, oddělení a skupiny.
Vnitřní členění pojišťovny, působnost a činnost jednotlivých útvarů pojišťovny upravuje Organizační řád ZP MV ČR.
V čele ZP MV ČR stojí generální ředitel, kterého jmenuje a odvolává správní rada.
Generální ředitel ZP MV ČR je statutárním orgánem ZP MV ČR a zastupuje ZP MV ČR.
Orgány ZP MV ČR podle zák. č. 280/1992 Sb. jsou:
- správní rada
- dozorčí rada
- ředitel pojišťovny (dále jen „generální ředitel“).
Správní a dozorčí rada ZP MV ČR zabezpečují účast pojištěnců, zaměstnavatelů a státu na řízení pojišťovny.
Další orgány ZP MV ČR:
Rozhodčí orgán
Odvolacím orgánem pojišťovny proti rozhodnutí ZP MV ČR:
- ve věcech týkajících se sporných případů o naplnění podmínek pro účast ve zdravotním pojištění podle tohoto zákona nebo jiných právních předpisů zahájených na návrh pojištěnce,
- ve věcech přirážek k pojistnému, pokut a pravděpodobné výše pojistného,
- ve věcech zřízení zástavního práva podle § 53d zákona č. 48/1997 Sb., o veřejném zdravotním pojištění a o změně a doplnění některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů (dále také „zákon č. 48/1997 Sb.“),
- ve sporných případech ve věcech placení pojistného a penále platebními výměry,
- ve sporných případech ve věcech vracení přeplatku na pojistném a snížení záloh na pojistné,
- ve sporných případech o hrazení částek podle § 16b zákona č. 48/1997 Sb.,
- v řízení o přestupku projednávaném pojišťovnou podle ustanovení § 44 odst. 5 zákona č. 48/1997 Sb.,
je Rozhodčí orgán.
Výbor pro audit
Podle zákona č. 93/2009 Sb., o auditorech a o změně některých zákonů (zákon o auditorech), ve znění pozdějších předpisů, ZP MV ČR zřizuje Výbor pro audit.
Revizní komise
Podle zákona č. 48/1997 Sb. zřizuje pojišťovna alespoň jednu Revizní komisi.
Revizní komise rozhoduje o odvolání proti rozhodnutí pojišťovny ve věci týkající se záležitostí vymezených v ustanovení § 20 odst. 2 písm. a) až e) zákona č. 48/1997 Sb.
Ústřední volební komise (ÚVK)
Pojišťovna zřizuje ÚVK pro organizaci voleb do správní rady a dozorčí rady v případě, kdy je podle zákona č. 280/1992 Sb. povinna vyhlásit volby do správní rady nebo dozorčí rady.