Organizační strukturu ZP MV ČR tvoří orgány pojišťovny, ředitelství pojišťovny a divize pojišťovny. Ředitelství pojišťovny se v zásadě člení na odbory a oddělení, divize na odborné úseky a skupiny. Divize pojišťovny nemají vlastní právní subjektivitu a vykonávají činnost jménem pojišťovny.
Vnitřní členění pojišťovny, působnost a činnost jednotlivých útvarů pojišťovny upravuje Organizační řád ZP MV ČR.
V čele ZP MV ČR stojí generální ředitel, kterého jmenuje a odvolává správní rada.
Generální ředitel ZP MV ČR je statutárním orgánem ZP MV ČR a zastupuje ZP MV ČR.
Orgány ZP MV ČR podle zák. č. 280/1992 Sb. jsou:
- správní rada
- dozorčí rada
- ředitel pojišťovny (dále jen „generální ředitel“).
Správní a dozorčí rada ZP MV ČR zabezpečují účast pojištěnců, zaměstnavatelů a státu na řízení pojišťovny.
Rozhodčí orgán
Odvolacím orgánem pojišťovny ve věcech týkajících se udělení předchozího souhlasu podle § 14b zákona č. 48/1997 Sb., o veřejném zdravotním pojištění a o změně a doplnění některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů (dále také „zákon č 48/1997 Sb.“), vydání povolení podle koordinačních nařízení, náhrady nákladů podle § 14 odst. 2 až 4 zákona č. 48/1997 Sb., přirážek k pojistnému, pokut a pravděpodobné výše pojistného a ve sporných případech ve věcech placení pojistného, penále, vracení přeplatku na pojistném, snížení záloh na pojistné a ve sporných případech o hrazení částek podle § 16b zákona č. 48/1997 Sb., je Rozhodčí orgán.
Výbor pro audit
Podle zákona č. 93/2009 Sb., o auditorech a o změně některých zákonů (zákon o auditorech), ve znění pozdějších předpisů, ZP MV ČR zřizuje Výbor pro audit.
Revizní komise
Podle zákona č. 48/1997 Sb. zřizuje pojišťovna alespoň jednu Revizní komisi.
Revizní komise rozhoduje o odvolání proti rozhodnutí pojišťovny ve věci týkající se záležitostí vymezených v ustanovení § 20 odst. 2 písm. a) až e) zákona č. 48/1997 Sb.